Direktorat Jenderal Aplikasi Informatika mempunyai tugas dan fungsi sesuai dengan Peraturan Menteri Komunikasi dan Informatika Nomor 12 Tahun 2021 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Komunikasi dan Informatika.
Direktorat Jenderal Aplikasi Informatika terdiri dari enam unit kerja, yaitu:
1. Sekretariat Direktorat Jenderal,
2. Direktorat Tata Kelola Aplikasi Informatika,
3. Direktorat Layanan Aplikasi Informatika Pemerintahan,
4. Direktorat Ekonomi Digital,
5. Direktorat Pemberdayaan Informatika,
6. Direktorat Pengendalian Aplikasi Informatika.
